Dopo la pubblicazione di Aenima i Tool finirono in una questione legale con l’etichetta per cui il disco era stato pubblicato. In questo periodo i lavori per un eventuale successivo album si fermarono e i membri dei Tool ebbero molto tempo a disposizione.

Maynard poté quindi realizzare un’idea che si era proposta un pò di tempo addietro quando ebbe la fortuna di conoscere Billy Howerdel nel 1992. Billy era tecnico delle chitarre dei Fishbones, e successivamente anche dei Tool, ma era soprattutto un ottimo compositore.

Si crearono quindi le condizioni per la nascita dei A Perfect Cicle, con la collaborazione di Paz Lenchantin al basso, Troy Van Leeuwen (ex Failure and Enemy) alla chitarra e Josh Freese (ex Vandals ex Guns n’Roses) alla batteria. Il disco Mer de Noms uscì poco dopo con notevole successo.

Le line-up subì alcune modifiche successivamente con l’entrata di Jeordie White (ex Marilyn Manson) al basso e James Iha (ex Smashing Pumpkins) alla chitarra per la successiva pubblicazione di 13th Step.

A ragione alcuni sostengono che visto il peso dei componenti della band gli A Perfect Circle siano il Real Madrid (la famosa squadra di calcio fatta di sole stelle) dell’alternative.